Эукариотическая клетка
<<  Строение и функции ядра Методы прямой трансформации растений  >>
Минисателлиты в эукариотических геномах
Минисателлиты в эукариотических геномах
Тандемные повторы
Тандемные повторы
Механизмы появления и размножения:
Механизмы появления и размножения:
Возможные функции микросателлитов
Возможные функции микросателлитов
Возможные функции минисателлитов
Возможные функции минисателлитов
Цель работы:
Цель работы:
Tandemswan для поиска повторов
Tandemswan для поиска повторов
Распределение длин периодов повторов
Распределение длин периодов повторов
Выбор порога фильтрации 10-15
Выбор порога фильтрации 10-15
Картинка для хромосом разных видов
Картинка для хромосом разных видов
Картинка для хромосом разных видов …без человека
Картинка для хромосом разных видов …без человека
Картинка для хромосом человека
Картинка для хромосом человека
Картинка для хромосом млекопитающих
Картинка для хромосом млекопитающих
Картинка для хромосом разных видов
Картинка для хромосом разных видов
Картинка для хромосом разных видов
Картинка для хромосом разных видов
Картинка для хромосом разных видов рыб
Картинка для хромосом разных видов рыб
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23
Наиболее частые слова в геномах с частыми периодами, кратными четырем
Наиболее частые слова в геномах с частыми периодами, кратными четырем
Выводы
Выводы
Спасибо
Спасибо

Презентация на тему: «Минисателлиты в эукариотических геномах». Автор: Валя. Файл: «Минисателлиты в эукариотических геномах.ppt». Размер zip-архива: 2619 КБ.

Минисателлиты в эукариотических геномах

содержание презентации «Минисателлиты в эукариотических геномах.ppt»
СлайдТекст
1 Минисателлиты в эукариотических геномах

Минисателлиты в эукариотических геномах

Боева Валентина Всеволод Макеев

2 Тандемные повторы

Тандемные повторы

Микро- и минисателлиты

В эукариотических геномах представлено большое разнообразие различных регулярных структур. Значимую их часть составляют

Тандемные повторы с длиной периода от 2 до ~ 6 называют микросателлиты

Тандемные повторы с длиной периода от 6 до ~ 100 называют минисателлиты

…tttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattta…

ggcagggggcagggggcagggggcagggggcagggggc

…ccaccatcaccaccaccaccatcaccatcaccaccaccatcaccatcactaccaccaccaccaccaccaccatcactacca…

gggaagg-tgatggggaaggatgat gggaaggatgatggggaaggatgat ggtaaggatgatggagaaggatgat

3 Механизмы появления и размножения:

Механизмы появления и размножения:

Микросателлиты: Диссоциация репликативного комплекса от реплицирующейся нити ДНК с последующим смещением при реассоциации (replication slippage) Неравный кроссинговер

Минисателлиты: Неравный кроссинговер Более сложные механизмы (интра- интергенные обмены, например, инсерции фрагментов донорской аллели могут быть фланкированы дупликациями реципиентной аллели или сопровождатся делециями).

4 Возможные функции микросателлитов

Возможные функции микросателлитов

Влияние на транскрипцию (например, из-за образования не-В структур ДНК, или белки могут образовывать комплекс с повтором). Влияние на трансляцию (напр., белки узнают повторы СUG на 5’-конце РНК) Повторы, входящие в состав структурного гена, могут обуславливать повторы в белке и белковый полиморфизм. Инсуляция (микросателлиты могут образовывать сайты узнавания СTCF, значимые на инсуляции). … тринуклеотидные повторы CTG/CAT связаны с различными неврологическими заболеваниями (всего 14: миотоническая дистрофия, болезнь Хантингтона, спиноцеребральной атаксия и др.)

5 Возможные функции минисателлитов

Возможные функции минисателлитов

GGG-повторы, сами по себе, так и содержащиеся в более крупных минисателлитных единицах, могут формировать G-квадруплекс, способные стабилизировать различные клеточные лиганды. Альтернативный сплайсинг теломеразы с образованием неактивного фермента также связан с наличием GGG-повторов. Связь с импринтингом. Это CpG-богатые повторы в СpG-островах. Потеря повторов может коррелировать с потерей импринтинга. Предполагается участие повторов в контроле репликации и клеточного цикла (мутационная нестабильность повторов может привести к опухолеобразованию

6 Цель работы:

Цель работы:

Исследовать распределения микро- и минисателлитов с различными характеристиками в геномах эукариот

D. melanogaster

T. nigroviridis

D. rerio

R. norvegicus

A. mellifera

C. elegans

G. gallus

H. sapiens

7 Tandemswan для поиска повторов

Tandemswan для поиска повторов

Для поиска повторов в ДНК мы использовали программу TandemSWAN, которая ищет повторы в ДНК, оценивая статистическую значимость найденных структур

Она отличается от большинства других доступных программ, предназначенных для поиска тандемных повторов в ДНК, таких как Tandem Repeat Finder, RepeatMasker или mreps, в основном тем, что позволяет найти более вырожденные длинные повторы и тем, что оценивает их статистическую значимость.

8 Распределение длин периодов повторов

Распределение длин периодов повторов

Для каждого организма большая часть генома оказывается покрыта вырожденными или строгими повторами, найденными программой TandemSWAN. Но более значимые из них можно отфильтровать, основываясь на значении p-value.

9 Выбор порога фильтрации 10-15

Выбор порога фильтрации 10-15

Порог фильтрации был выбран так, чтобы вероятность наблюсти данную периодическую структуру на произвольной позиции была не больше 10-15. Таким образом, у нас остаются либо повторы коротких мотивов с большим числом копий либо с меньшим числом копий, но длина повторяющегося юнита большая.

…tttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattta…

10 Картинка для хромосом разных видов

Картинка для хромосом разных видов

…Здесь трудно что-то понять ?

11 Картинка для хромосом разных видов …без человека

Картинка для хромосом разных видов …без человека

honey bee contigs

C. elegans

zebrafish

X

12 Картинка для хромосом человека

Картинка для хромосом человека

ALUs

chrX

period 67

period 42

period 48

13 Картинка для хромосом млекопитающих

Картинка для хромосом млекопитающих

Х-хромосома собаки

Крыса

14 Картинка для хромосом разных видов

Картинка для хромосом разных видов

Крыса

15 Картинка для хромосом разных видов

Картинка для хромосом разных видов

Курица

Половые хромосомы

16 Картинка для хромосом разных видов рыб

Картинка для хромосом разных видов рыб

Кратные трем

17 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

18 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

C. elegans

19 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

D. melanogaster

20 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

zebrafish

Человек

Собака

21 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Крыса

22 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Пчела

23 Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Tetraodon

24 Наиболее частые слова в геномах с частыми периодами, кратными четырем

Наиболее частые слова в геномах с частыми периодами, кратными четырем

Крыса, chr10 и chr12 Собака, chr1 и chrX Zebrafish, chr1 и chr20

Слово

Частота

Слово

Частота

Слово

Частота

Слово

Частота

Слово

Частота

Слово

Частота

TAAA

25237

AATA

26871

TAGA

5940

AGAT

1868

TATC

14192

CTAT

19532

ATTT

24095

ATTT

24321

ATCT

4746

TCC

1774

ATT

12319

ATA

12406

GAAA

12781

AAAG

6781

ATTT

3858

GAG

1545

ATA

12221

AGAT

11585

TTTC

10016

TCTT

6716

TCC

3701

TATC

1500

TAGA

10472

TTA

10284

TCCT

5497

ATT

4838

GGA

3385

ATT

1411

ATAAT

10174

ATAAT

8201

GAA

4963

GATA

4760

TAAA

3107

TAAA

1386

ATTAT

7624

TCT

6456

ATAG

4861

ATA

4247

ACAT

2931

GAA

1279

TAAA

5868

AGA

5345

AAT

4656

TCTA

4025

TGTA

2873

CTTT

1276

ATTC

5478

TATAT

5190

CTT

4568

AGA

2882

TTC

2633

TGTA

1204

ATGA

4961

CATC

3634

ATT

4431

AATAA

2868

AAGA

2603

ATTT

1177

ATTT

4125

ATTT

3522

GAAG

4090

TATTT

2604

CAC

2439

AGGA

1117

ATC

3755

TTCA

3477

TATC

3539

CTT

2317

ATA

2301

TCCT

1003

GAAA

3735

ATGA

3399

AATAA

3231

GGAA

2210

TTTTA

2872

CCTT

2074

GTG

2253

CTT

964

AGA

3591

TAAA

3144

GGA

2445

CCAT

1213

TTCC

2103

ATC

892

TCT

3551

TCTG

3140

CTC

1788

GGAT

1177

ATT

2066

AAT

881

ATCC

3503

GAT

3064

ATTC

1219

CTC

1046

TCTT

2022

CATA

854

GGAT

3461

GAAA

2845

1139

ATGA

951

GGAA

1986

CCAT

831

TTTC

3317

ATGG

2793

TCTTT

1124

TCTTT

934

AAC

1952

CAC

768

ATG

2853

TCTT

2754

CCAT

1077

GAT

817

TCA

1861

TGGA

736

ATCA

2508

CAT

2100

GAAT

956

ATTC

800

GAA

1820

GAAA

678

GACA

1855

ATTG

2061

AAAGA

849

TAG

768

GTT

1783

GGT

666

GTCT

1529

CAGA

1998

CAAAA

835

GGA

756

ATCC

1774

AGC

632

TTGT

1235

ATAC

1618

GAT

1578

GCT

591

CTA

1218

TGT

1352

CTACAAATGAGACCAAATGACTC

25 Выводы

Выводы

Для различных организмов патерны минисателлитов различны. Даже для двух рыб. Человек сильно отличается от всех других видов, в частности благодаря наличию Alu повторов и других классов минисателлитов Распределение минисателлитов в половых хромосомах обычно отличается от распределения в аутосомах

26 Спасибо

Спасибо

Миронову Андрею Александровичу, Есиповой Наталье Георгиевне, Мирей Ренье, Марине Фридман и Нике Опариной! И вам за ваше внимание!!! ?

«Минисателлиты в эукариотических геномах»
http://900igr.net/prezentacija/biologija/minisatellity-v-eukarioticheskikh-genomakh-185122.html
cсылка на страницу

Эукариотическая клетка

16 презентаций об эукариотической клетке
Урок

Биология

136 тем
Слайды
900igr.net > Презентации по биологии > Эукариотическая клетка > Минисателлиты в эукариотических геномах