Белки
<<  Тест по теме: “Белки” С-реактивный белок  >>
Структура белка
Структура белка
Предсказание вторичной структуры белков
Предсказание вторичной структуры белков
Предсказание вторичная структура белка: PSIPRED
Предсказание вторичная структура белка: PSIPRED
PSIPRED - output
PSIPRED - output
PSIPRED – графический выход
PSIPRED – графический выход
PredictProtein
PredictProtein
Evaluation of secondary structure prediction
Evaluation of secondary structure prediction
PDB – универсальный репозиторий данных по пространственной структуре
PDB – универсальный репозиторий данных по пространственной структуре
PDB – стандартная запись
PDB – стандартная запись
Still images
Still images
Jmol
Jmol
Как найти гомолога с известной 3D структурой
Как найти гомолога с известной 3D структурой
Cn3D (NCBI -> “Structure”)
Cn3D (NCBI -> “Structure”)
MMDB Structure
MMDB Structure
View 3D structure
View 3D structure
Как выделить интересные участки
Как выделить интересные участки
Что еще бывает
Что еще бывает
(non-coding) RNAs
(non-coding) RNAs
Почему и здесь надо использовать компьютер
Почему и здесь надо использовать компьютер
Базы данных РНК и предсказание РНК-генов в геноме
Базы данных РНК и предсказание РНК-генов в геноме
Примеры специализированных баз данных и предсказалок
Примеры специализированных баз данных и предсказалок
Предсказание вторичной структуры РНК - Mfold
Предсказание вторичной структуры РНК - Mfold
Mfold - output
Mfold - output
Предсказание структуры гомологичных РНК
Предсказание структуры гомологичных РНК
PatScan – поиск структурных РНК известной структуры
PatScan – поиск структурных РНК известной структуры
PatScan - output
PatScan - output
Riboswitches
Riboswitches
Rfn-элемент: механизм регуляции генов синтеза витамина B2 (FMN)
Rfn-элемент: механизм регуляции генов синтеза витамина B2 (FMN)
THI: mechanism of regulation
THI: mechanism of regulation
B12 riboswitch
B12 riboswitch

Презентация на тему: «Структура белка». Автор: irena. Файл: «Структура белка.ppt». Размер zip-архива: 3444 КБ.

Структура белка

содержание презентации «Структура белка.ppt»
СлайдТекст
1 Структура белка

Структура белка

Как предсказать вторичную структуру белка? Как найти и анализировать пространственную структуру, если она известна? Что можно делать, если структура неизвестна

2 Предсказание вторичной структуры белков

Предсказание вторичной структуры белков

Начало 1990х На Web – очень много программ => ?-спиральные участки, ?-стрэнды и “random coils” или “loops” (с поворотом) Точность предсказания - ~75%

3 Предсказание вторичная структура белка: PSIPRED

Предсказание вторичная структура белка: PSIPRED

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

4 PSIPRED - output

PSIPRED - output

5 PSIPRED – графический выход

PSIPRED – графический выход

6 PredictProtein

PredictProtein

Предсказывает: Вторичную структуру (H, E, C) Для каждого остатка – доступность для растворителей Трансмембранные сегменты и их топологию Глобулярные участки белка Coiled coil участки PROSITE мотивы в белке Prodom домены Дисульфидные связи Участки с неравномерным а.к.-составом Запускает META server для исследуемого белка Требует регистрации http://www.predictprotein.org/

7 Evaluation of secondary structure prediction

Evaluation of secondary structure prediction

EVA: http://cubic.Bioc.Columbia.Edu/eva/: сравнивает различные серверы по предсказанию вторичной структуры часто обновляемый список действующих серверов

8 PDB – универсальный репозиторий данных по пространственной структуре

PDB – универсальный репозиторий данных по пространственной структуре

белка

9 PDB – стандартная запись

PDB – стандартная запись

10 Still images

Still images

11 Jmol

Jmol

12 Как найти гомолога с известной 3D структурой

Как найти гомолога с известной 3D структурой

BLASTP против PDB Для структурной схожести достаточно даже невысокой гомологии! (~ 20% id) Чему соответствуют консервативные участки на структуре?

13 Cn3D (NCBI -> “Structure”)

Cn3D (NCBI -> “Structure”)

Similar viewers: RasMol - www.rasmol.org SwissPDBviewer - http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html/

14 MMDB Structure

MMDB Structure

15 View 3D structure

View 3D structure

16 Как выделить интересные участки

Как выделить интересные участки

17 Что еще бывает

Что еще бывает

Homology modelling – моделирование структуры на основе структуры близкого гомолога: Modeller http://guitar/rockfeller.edu/modeller/modeller/html SWISS-MODEL http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html Ab initio folding – http://folding.stanford.edu/ Threading – моделирование на основе структур удаленных гомологов NCBI Structure – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/RESEARCH/threading.html PROSPECT – http://compbio.ornl.gov/structure/prospect/ Симуляция молекулярной динамики: http://www.scripps.edu/Brooks/ http://molmovdb.mbb.yale.edu/MolMovDB/ Molecular docking (взаимодействие белков между собой или с малыми молекулами): http://www.bio.vu.nl/nvtb/Docking.html http://www.biochem.abdn.ac.uk/hex/

18 (non-coding) RNAs

(non-coding) RNAs

Моделирование вторичной структуры Базы данных некодирующих РНК Поиск RNA c заданной структурой Достижения биоинформатики: miRNA riboswitches

19 Почему и здесь надо использовать компьютер

Почему и здесь надо использовать компьютер

Non-coding RNAs – как правило, малые молекулы, которым приписывают все больше и больше функций: очень мощный приток новой информации Вычислительные методы очень эффективны в анализе РНК – вторичная структура, ко-эволюция остатков, растущие базы данных, предсказание малых РНК и их мишеней

20 Базы данных РНК и предсказание РНК-генов в геноме

Базы данных РНК и предсказание РНК-генов в геноме

Функции РНК зависят от типа – специализированные базы данных РНК-гены сложно предсказывать – они короткие и не слишком консервативные Общее свойство всех РНК-молекул – стабильная вторичная структура (известную структуру можно использовать при предсказании) Мишени miRNA – разные методы предсказания и соответсвующие базы данных

21 Примеры специализированных баз данных и предсказалок

Примеры специализированных баз данных и предсказалок

tRNAs – Sean Eddy, http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE rRNAs – филогенический анализ http://rdp.cme.msu.edu/ miRNAs (miRBase) – http://microrna.sanger.ac.uk/ Prediction of miRNA targets http://pictar.bio.nyu.edu http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ http://mirna.imbb.forth.gr/microinspector/ Коллекция ресурсов по siRNAs – http://sirna.cgb.ki.se/

22 Предсказание вторичной структуры РНК - Mfold

Предсказание вторичной структуры РНК - Mfold

http://frontend.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold/

23 Mfold - output

Mfold - output

24 Предсказание структуры гомологичных РНК

Предсказание структуры гомологичных РНК

Позиции в РНК, участвующие в связывании при образовании вторичной структуры, эволюционируют согласованно – ковариационный анализ Множественное выравнивание => более эффективное предсказание вторичной структуры Stand-alone programs (например, http://www.genetics.wustl.edu/software/#cove/ On-line - http://bioinf.fbb.msu.ru/RNAAlign/ (множественное выравнивание и предсказание структуры)

25 PatScan – поиск структурных РНК известной структуры

PatScan – поиск структурных РНК известной структуры

http://www-unix.mcs.anl.gov/compbio/PatScan/HTML/scanner.html

26 PatScan - output

PatScan - output

Основная проблема – создать паттерн по структуре!!! (+ к тому, что использовано – правило спаривания : r1={au,gc} p1=10…12 3…8 r1~p1)

27 Riboswitches

Riboswitches

Новый (самый древний!) тип регуляции транскрипции на основе РНК-взаимодействий (распространен, преимущественно, у прокариот) Был открыт и изучен биоинформатическими методами (российскими учеными!) Регуляция непосредственным связыванием лиганда – малой молекулы

28 Rfn-элемент: механизм регуляции генов синтеза витамина B2 (FMN)

Rfn-элемент: механизм регуляции генов синтеза витамина B2 (FMN)

Transcription attenuation

Translation attenuation

29 THI: mechanism of regulation

THI: mechanism of regulation

Transcription attenuation

Translation attenuation

Bacillus/Clostridium group, Thermotoga, Fusobacterium, Chloroflexus

Thermus/Deinococcus group, CFB group Proteobacteria,

Actinobacteria, Cyanobacteria, Archaea

30 B12 riboswitch

B12 riboswitch

«Структура белка»
http://900igr.net/prezentacija/biologija/struktura-belka-80827.html
cсылка на страницу

Белки

11 презентаций о белках
Урок

Биология

136 тем
Слайды