Нуклеиновые кислоты
<<  ПОДДЕРЖАНИЕ ДНК-ГОМЕОСТАЗА РОЛЬ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ В ОРГАНИЗМЕ И ПИТАНИИ ДНК: структура и функции  >>
Вторичная структура РНК
Вторичная структура РНК
Роль структуры РНК
Роль структуры РНК
тРНК
тРНК
Аттенюаторы
Аттенюаторы
Элементы вторичной структуры
Элементы вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Представление вторичной структуры
Некоторые особенности
Некоторые особенности
Предсказание вторичной структуры
Предсказание вторичной структуры
Свободная энергия элементов вторичной структуры
Свободная энергия элементов вторичной структуры
Свободная энергия элементов вторичной структуры
Свободная энергия элементов вторичной структуры
Динамическое программирование
Динамическое программирование
Сервер Цукера http://bioinfo
Сервер Цукера http://bioinfo
Результаты
Результаты
Пример выдачи результата
Пример выдачи результата
Проблемы
Проблемы
Еще проблемы
Еще проблемы
Поиск консервативных вторичных структур
Поиск консервативных вторичных структур
Кинетическая модель формирования вторчной структуры
Кинетическая модель формирования вторчной структуры
Константы скоростей
Константы скоростей
Формирование вторичной структуры в процессе синтеза
Формирование вторичной структуры в процессе синтеза
Кинетический ансамбль вторичной структуры тРНК
Кинетический ансамбль вторичной структуры тРНК
Низкобарьерные перестройки
Низкобарьерные перестройки
Выводы
Выводы

Презентация на тему: «Вторичная структура РНК». Автор: mironov. Файл: «Вторичная структура РНК.ppt». Размер zip-архива: 540 КБ.

Вторичная структура РНК

содержание презентации «Вторичная структура РНК.ppt»
СлайдТекст
1 Вторичная структура РНК

Вторичная структура РНК

2 Роль структуры РНК

Роль структуры РНК

Структурные РНК (тРНК, рРНК, мяРНК) Регуляторные элементы в матричных РНК (аттенюация, антисмысловое взаимодействие, стабильность, копийность плазмид) Вирусные РНК Самосплайсирующиеся интроны

3 тРНК

тРНК

4 Аттенюаторы

Аттенюаторы

Терминация

Антитерминация

Терминатор

Пауза

Рибосома

Антиерминатор

5 Элементы вторичной структуры

Элементы вторичной структуры

Петля-шпилька

Выпячивание

Внутреняя петля

Спирали

Множественная петля

Псевдоузел

C A G A G A C G | | C G | G C G | | A U / \ G | A A \ / G C | | C G | | A U / \ / C C G C-A / | | A G-C-A-A-G G C A G-G-U-U-C | | U-G \ C G U | \ \ / A G C | | | U A U | | | C G U | | | A C G / A G A

6 Представление вторичной структуры

Представление вторичной структуры

"Спирали-Петли"

7 Представление вторичной структуры

Представление вторичной структуры

"Скобочная структура"

gggctaTAGCTCAGcTGGGAGAGCgcctgcTTtgcACgcaggagGTCtgcGGTTCGAtCCCgcatagctccaCCA ((((((( (((( )))) ((((( ))))) ((((( )))))))))))

8 Представление вторичной структуры

Представление вторичной структуры

"Круговая диаграмма"

9 Представление вторичной структуры

Представление вторичной структуры

"Круговая диаграмма"

10 Некоторые особенности

Некоторые особенности

Последовательность тРНК (около 70 нул.) допускает несколько сотен структур, а 5S рибосомная РНК – несколько тысяч

Стуктура РНК принципиально неоднозначна:

11 Предсказание вторичной структуры

Предсказание вторичной структуры

Перебор вариантов (жадные алгоримы) Минимизация свободной энергии/ Максимизация числа пар (Динамическое программирование) Стохастические алгоритмы (Монте-Карло, генетические алгоритмы) Поиск консервативных структур

12 Свободная энергия элементов вторичной структуры

Свободная энергия элементов вторичной структуры

Спираль.

G C C G G U G C A U

5' 3'

3' 5'

13 Свободная энергия элементов вторичной структуры

Свободная энергия элементов вторичной структуры

Петли

Шпильки

Выпячивания

Внутренние петли и множественные петли

14 Динамическое программирование

Динамическое программирование

W(1,i+1)=max{

Max( s1,k-1+sk+1,i+1)} - i спарено с k

k-1

k

k+1

W(1,i), - i+1 не спарено

k

W1,k-1

Wk+1,i

1

L

i

i+1

I

15 Сервер Цукера http://bioinfo

Сервер Цукера http://bioinfo

math.rpi.edu/~zukerm/

16 Результаты

Результаты

17 Пример выдачи результата

Пример выдачи результата

18 Проблемы

Проблемы

Разные таблицы энергии дают разные результаты

Сворачивание происходит в процессе синтеза в направлении 5'-3'

Конформация может меняться во времени и находить биологически значимую структуру, не обязательно с минимальной энергией

19 Еще проблемы

Еще проблемы

Неспаренные петли могут взаимодействовать и стабилизировать структуру (тРНК, рРнк) Модифицированные основания могут препятствовать или способствовать образованию альтернативных стрктур Взаимодействие с белками РНК, низкомолекулярными соединениями могут стабилизировать неоптимальную структуру

20 Поиск консервативных вторичных структур

Поиск консервативных вторичных структур

Выравнивание последовательностей Поиск компенсаторных замен и взаимно-комплементарных консервативных участков

Компенсаторные замены: T G A C G C C G C A G T

TTCGAtc TTCGAtt

CC CC

gca tgc

tgc gca

GG GG

Примеры: тРНК, рРНК, РНК-аза Р, интроны I и II типа, некоторые регуляторные элементы

21 Кинетическая модель формирования вторчной структуры

Кинетическая модель формирования вторчной структуры

22 Константы скоростей

Константы скоростей

K-

K+

23 Формирование вторичной структуры в процессе синтеза

Формирование вторичной структуры в процессе синтеза

Рост цепи

24 Кинетический ансамбль вторичной структуры тРНК

Кинетический ансамбль вторичной структуры тРНК

CGA A U U U G C C G GG G C U G A U CUA A A G C G GGGCC G UAG A CCCGG CGAG U UA C G U A GCUC G C G AGA C G C G U G C G C G A U A U / G-5' 3'

CGA A U U U G C C G G C A U G C GGCC A G UAG G AUGG CGAG U A UACC GCUC G UCGA C A AGA C U G G G C CG C C G C G U G C G 3'CA UUG-5'

CGA A U U U G C C G G C A U G C GGCC A G UAG G AUGG CGAG G A UACC GCUC U UCGA C A AGA G U / G 3' CGGGGGUG-5'

CGA A U U U G C C G G C A U G C 3'GGA G UAG CGAG G GCUC U 5'GUUGGGGGCGUA AGA

3'GAUU UCG UAG CGC CGAC G GCG GCUC U 5'GUUGGGG UA AGA

3' UAG CGAG G GCUC U 5'GUUGGGGGCGUA AGA

25 Низкобарьерные перестройки

Низкобарьерные перестройки

26 Выводы

Выводы

Проблема формирования вторичной структуры РНК – сложная комбинаторная и физическая задача Результаты минимизации энергии не всегда дают биологически осмысленную структуру Наилучшие результаты дает поиск консервативных структур

«Вторичная структура РНК»
http://900igr.net/prezentacija/khimija/vtorichnaja-struktura-rnk-229729.html
cсылка на страницу
Урок

Химия

65 тем
Слайды